退房时才知有商品房买卖合同之合同补充协议本人是贵州六盘水

我于今年6月与房开商签订了商品房屋买卖合同并交了首付，房开商告知可以代办30万的公积金，后因公积金管理处出具的贷款金额只能22万，因此提出退房，这时房开拿出我与他们签订的商品房屋买卖合同和合同补充协议，但是两份协议对违约的说明出入较大，商品房屋买卖合同告知违约须付未付款的1%，合同补充协议时房屋总款的的5%，请问这样的合同有法律效应吗？我是否只应履行商品房屋买卖合同上的条款。