浙江湖州的 农村土地转让协议是否有效

我母亲于2003年4月将老家的的房屋卖给了另一大队的农户林某，当时签订了一份房屋买卖及土地转让 协议，在场的有村社干部等，并盖了 村社公章。2004年，农村土地进行了 第二轮承包。可喜的是，当时确权并没有改变我妈妈的承包权。于是一直到 现在。今年农村土地 再一次确权，底根依然是我妈妈的承包人。但林某拿着协议要求变更成他的 所有人。请问2003年签定的那份协议还有效吗？我们当年不懂，被别人算计，将转包写成了 转让。请 问我们 该怎么维护自己的权利，保住母亲的土地所有权？