房子的实际长宽与土地规划局批准的长宽恰好相反

05年我的母亲在自己集体土地范围内建了新房，并且已经办好了各项手续。今年4月初我去办房产证的时候，土地规划局的同志来测量时，发现房子的实际长宽刚好与土地规划局批准的长宽相反，但是建筑面积并没有超出两个人的合法面积（44平方米），房子建在自己的土地范围内。当时有个工作人员说：象这样的情况是要处罚的。我们没有按照批文建房子上面不管，但是超出的面积就要罚款。假如说这样的话已经有一半以上是属于超出面积了，没平米200元，那要罚多少？？难道没有其他更好的处理方法吗？？？？？我该求助哪个部门？？？？