组合家庭，父母离婚后，房子约定给母亲但儿子一直不愿意过户；现母亲过世了，房改房的继承与过户问题

1981年母亲与继父再婚，1984年父母买了屋基，继父单位出钱自建公助做了两层两间的房子，属单位房改房，有60%产权，房产证上只有一层地皮的面积，二层一直无证。两老离婚后，协议约定两层房子都给母亲，父亲协助母亲办理过户手续。但继父的儿子将房产证拿在手上不肯协助母亲过户，并且不承认离婚协议上写的两层房子是二老的共同财产，因为二楼为无证建筑。现在两老离婚六年了，母亲去年过世，母亲立遗嘱，让女儿继承她离婚所享受的房屋的全部权利。 单位的房改房是1995年购买并办理房产证的，没有土地证，如果现在过户，先要缴清余下的40%的产权给单位，才算完全的私人产权，而且土地证这一块还不清楚办不办得下来。到法院打官司，因二楼为无证建筑，法院相关人员说这一部分是不受法律保护的，会驳回女儿的继承请求。到现在还不让立案。请问两老在民政局办理了离婚证的离婚协议，到底有没有效？就因为房产证上的面积和离婚协议约定的房屋面积不一样，继父儿子认为二老离婚协议无效。儿子要将二老离婚协议作废，然后几个子女按现在的评估价平分房产。这事现在双方协商不好；继父儿子经常为这事来扯皮，请问走法律程序的话，女儿应该如何取证并维护自己的权益？