陕西咸阳的 宅基地被占

我家旧宅，因93年去世，伯父要求哥哥在94年将院子中的2间房子面积给她女儿，哥哥同意并签订协议，现在城中村改造，我们才知道她多占0.5米，也就是20多平方，现在这些面积归我们？，因为按照当地风俗，2间是6.6米，但她现在是7.1米，我们该怎么办，土地使用证是我父亲的名字。