同经济组织转让宅基地，未及时变更导致土地纠纷

我想咨询下我是福州市的一个农村农民，十八年前我父亲买了同村同经济组织成员从村里划拨出来的宅基地盖房子，由于当时家里经济紧张没有及时办理变更手续，前两年我父亲过世了，我想变办理变更，（土地使用证，建设规划许可证都在我们家手上）找之前的转让方，可是对方不承认土地转让给我们了，还说没经过公证的协议书是没有法律效力的，我们家在此宅基地上盖房子已经十八年了，我家属于无宅基地的，转让方还有块宅基地，这样我们该怎么办，是不是这样他们不同意办理变更的话家里花光所有积蓄盖的房子到最后也是变成他的，我们找过土地局，土地局的人跟我们说土地使用证名字上他的，那块地就是他的，福州这次开始土地确权这样能否进行确权，重新发证