拆迁安置房的两证如何办理

2003年市政需要,根据市交通重点工程指挥部的要求,对我们所在的住宅楼进行拆迁,并签定了拆迁安置协议书. 协议书上说明2003年底向拆迁户提交合格的安置房,但在领取安置房钥匙前必需交清相关费用.但实际是:2004年5月我们才拿到了钥匙.可安置房的两证一直没有拿到,和镇上协商了几十次,每次都是在办理,可现在连当时的天袁公路指挥部都以撤销了几年了,我们的两证还没有办下来,不知现在怎么办. 说明一下,我们当时的住宅楼是建于1994年,当时只有商品房房产证,没有土地证, 不知是否影响办两证. 请法律界的朋友帮忙,提个意见.